发信人: space (排骨教主), 信区: Biology
标 题: Re: 做hybridization的时候，怎么知道需要多长时间呀？
发信站: The unknown SPACE (Wed Aug 14 13:36:40 2002), 站内信件

【 在 gdma (gdma) 的大作中提到: 】
: 只知道链越长，需要的时间就越长。可是怎么才能确切的
: 知道它基本达到平衡了呢？
: 难道只能自己试么？有没有相关的研究和报道？

什么是hybridization? 是不是ligation(我是生物盲, 别笑, hehe)?

这个可以作些理论估计的:

hybridization时间可以分成几部分: T_d+T_s+T_l

其中T_d是diffusion time, 也就是两条链相遇的平均时间;

这个时间和分子浓度有关系, 大致是这个分子diffuse出分子平均占有体积的时间.

平均占有的体积是浓度的倒数. 随即扩散出一个一个特征距离x, 扩散理论的结果是:

x^2=D*t, D是扩散系数, t是扩散时间. 扩散系数和温度, 溶液粘滞系数, 扩散体的
尺寸有关系. 固定温度和固定溶液下, D和扩散分子的尺寸R成反比: D正比于R^(-1).

于是T_d正比于C^(-2/3)*R, R是链分子的coil size, 它和链长L的关系是:R=Sqrt[L*b],
b代表链的弯曲弹性---b越小, 链越软. 这里的结果对柔软的长链尤其正确.

于是对特定的分子和特定的浓度来说: T_d正比于L^(1/2).


T_s是self diffusion time, 也就是相遇后调整构型使得端对端相吻合的时间;

这个时间大致是分子diffuse 出它自己的coil size定义出的体积所需的时间.
和前面一样的讨论, T_s正比于R^3, 最后正比于L^(3/2).

T_l是ligase工作时间, 这部分应该是个常量.


以上大概可以描述ligation time和分子链长的依赖关系了吧.
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乌鸦大兄.

※ 来源:．The unknown SPACE bbs.mit.edu．[FROM: 131.193.]