发信人: golem (叫春蝈蝈小岩), 信区: Biology
标 题: 尝试分析一下SARS
发信站: The unknown SPACE (Tue Apr 15 16:58:01 2003) WWW-POST

看看现有的database能够弄清哪些程度上的东西.
首先,不考虑codon preference条件下用NCBI的ORF
finder找到8个ORFs(P1-->P6),blastP结果如下:
检索ID:1050437955-05057-3024

P1 +1 ORF:250..13398 4383aa
bovine coronavirus RNA-directed RNA replicase

P2 +3 ORF:13584..21470 2629aa
同上,可能形成polyprotein complex

P3 +3 ORF:21477..25244 1256aa
surface projection glycoprotein of coronavirus
envelope protein

P4 +1 ORF:28105..29373 423aa
murine hepatitis virus nucleocapsid protein

P5 +2 ORF:25253..26077 275aa
Opsin, or malaria parasite Ca ATPase-like protein

P6 +1 ORF:26383..27048 222aa
matrix glycoprotein [porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus]

P7 +3 ORF:25674..26138 155aa
Sphingobacteria protein, unknown

P8 +3 ORF:27258..27626 123aa
没有hit.

下面应该是domain structure了.估计大家会先拿P3-P6开刀.
有这些领域的人请发表一下看法吧.


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一个人只拥有今生今世是不够的,他还应该拥有诗意的世界.
如果发现俺用了错别字,请发信指正.





※ 修改:·golem 於 Apr 15 16:58:01 修改本文·[FROM: 128.8.]
※ 来源:．The unknown SPACE bbs.mit.edu．[FROM: 128.8.]