发信人: Ag (小坡), 信区: Biology
标 题: Re: 请教几个molecular dynamics软件
发信站: Unknown Space - 未名空间 (Sun Nov 9 15:06:10 2003), 站内信件


我想即使是namd的头也不敢象你这么大口气说话，呵呵。

amber的force fields，模拟DNA是最强的，无可比拟。
charmm的package比较大，分析处理数据，还有一些辅助分析手段比较完善一些。
gromos gromacs不太清楚，后者好像是前者的衍生。
NAMD好像比较新，没有了解。

我觉得没有所谓的活力前途比较一说，主要还是network的问题。
karplus派系出来的人，多用charmm。kollman派系出来的，多用amber。
欧洲那边的，多用gromos。

【 在 exposure (曝光) 的大作中提到: 】
: none of them. check out NAMD, a MD program optimized for parallel computing.
: 【 在 tonydudu (dudu) 的大作中提到: 】
: : Amber
: : gromos
: : gromacs
: : charmm
: : 请问有经验的同志，这几个软件各有什么优缺点？哪个比较有活力和前途？
: : thx


--
※ 来源:．Unknown Space - 未名空间 mitbbs.com．[FROM: 140.232.]