发信人: royluo ( 罗马情结), 信区: Biology
标 题: Re: 问一个fusion protein之间的linker的问题
发信站: Unknown Space - 未名空间 (Sun Apr 4 00:30:18 2004), 站内信件


BDscience有专门表达GFP fusion蛋白的质粒卖。比如pEGFP系列。
我用过pEGFP-N1,感觉不错。你不妨试一试。
另外，GFP其实是个结构蛮紧凑的蛋白，即使没有很长的linker，
也应该不会干扰你要表达蛋白的折叠。比如我用的pEGFP-N1的多克隆位点
实际上与GFP就没有专门的linker sequence.但是表达出来的fusion protein
活性很好，而GFP折叠也没有出问题，免疫荧光实验看得很清楚。
如果你实在想加一个linker sequence,可以参考一下pEGFP-N1 多克隆位点
序列。
另外刚才查了一下文献，感觉linker design还是很有讲究的，对于较短的
linker,原则是要用flexible 和hydrophilic氨基酸。Flexible 的氨基酸，比如
Gly和Ala; hydrophilic的氨基酸比如ser。
有些情况比较复杂，较短的linker不行。比如有报道表达一个protein G
和luciferase的fusion protein，中间的linker是GGGGS。发现虽然luciferase
有活性，但是protein G不能结合到 IgG agarose上面。一分析，原来luciferase
和protein G都有beta-sheet 的结构，之间的相互作用可能阻碍了IgG与
protein G的结合。为了解决这个问题，作者在protein G和 luciferase之间又加
了一个protein A(alpha 螺旋的成份多), 把它们彻底隔开，这样才成功了。
我们一个合作实验室中也发现过类似问题。表达一系列IgG Fc 做tag的融
合蛋白，发现如果不加IgG的Hinge 区域做linker 的话，protein A agarose
结合不好，纯化效率很低。



【 在 ldg (三十三块★breathe) 的大作中提到: 】
: 我现在想把GFP连到某个蛋白上做localization实验，因为没有合适的酶切位点，
: 所以打算用recombinant PCR把他们连起来。请问中间的那个linker，一般用
: 什么序列？因为需要把他们放到引物里边，所以这个linker不能太长。
: 不知道6-7个左右够不够？
: 多谢了


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