发信人: space (排骨教主), 信区: Biology
标 题: Re: ds DNA circularization: how many bp's?
发信站: Unknown Space - 未名空间 (Tue Dec 7 18:29:09 2004), 转信

现在这个问题不平庸了.

以前认为DNA具有线性弯曲弹性. 小于50nm的DNA成环需要的能量太大, 没有外部帮助的
情况下,基本不可能自发成环. 对小DNA链来说, 成环最小需要的弯曲能是:
Eb/KT=2*pi^2*50nm/L. 所以L=150 bp的DNA成换需要至少克服20 KT的energy barrier. 如果
100 bp成环需要克服大概30 KT的energy barrier.

最近西北大学的Widom的lab用T4 ligase作了成环实验. 成环概率大过理论结果up to
10,0000倍.

我们提了一个理论解释, 能很好的解释他们的结果. 就是热激发的连续几个base pair的
melting导致一些local defects. 这些local defects很稀少, 所以对长的DNA不起作用.
对短DNA的极限情况会有很大影响. 严格的理论计算结果果然如此.

Melting机制会使成环概率敏感依赖于温度.另外Melting机制也会影响到DNA的
twist rigidity. 这两个预言最近被Widom的新实验支持了.

所以我现在的看法是: 多小的DNA都能成环.

Localized Single-Stranded Bubble Mechanism for Cyclization of Short Double
Helix DNA

Mol. Cell 14, 355 (2004)
Physical Review Letters, vol 93, 108108 (2004)



【 在 zzzzh (一切靠自己) 的大作中提到: 】
: ask space, he is the expert
: 【 在 arcadian (南蛮) 的大作中提到: 】
: : just wondering if you guys know how many base pairs are required for a ds DNA
: : to form a ring?


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乌鸦大兄.

※ 修改:．space 于 Dec 8 01:17:05 修改本文．[FROM: 67.174.]
※ 来源:．Unknown Space - 未名空间 mitbbs.com．[FROM: 131.193.]