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发信人: shagenxingbu (傻根行不), 信区: Biology
标 题: 转载：三板斧——王晓东科研思路简评
发信站: Unknown Space - 未名空间 (Wed Apr 13 01:10:30 2005) WWW-POST
【八阕】其实研究王晓东的科研思路，发现这个规律是相当明显的，他自己也曾在讲课时
提到科研的三板斧，其中的两板斧肯定是：建立体外生化检测系统，用这个系统跟踪蛋白
纯化过程。他的过人之处就在于他的实验室能用 100升的细胞，过5，6个column最终纯化
得到单一的生化组分。这个毅力有点像那个从几十万个猪脑提取某个激素的故事，他的实
验比提激素可能要简单，但是他提取的不是一个，而可能是几个，这几个将细胞调亡线粒
体途径阐述得相当干净明了（干净的意思是他用体内尤其是体外重建实验证明的，不像某
些文章结论模糊不清）。
建立体外检测系统，跟踪纯化蛋白这个思路如果有办法实现基本上是万能的，王用同样的
方法研究RNAi发现了RNAi pathway里一个很重要的蛋白就是一个例证。
有兴趣的同学可以读读他的文章
http://www.swmed.edu/home_pages/wanglab/Wanglab-pic/publications.htm
他的实验室主页
http://www.swmed.edu/home_pages/wanglab/
王晓东说世界上没有他纯化不出来的蛋白，呵呵。其实，他的lab纯化是很厉害，但决不
至于天下唯一。他们最初做出cytochrome c还是有些lucky的，
思路倒是比较直接，看上去比较简单，建立好体外检测系统，然后开始分离不同组分，结
合DNA ladder（他们用这个做凋亡检测体系），直到最后分离到单一有效组分为止。但事
实远不是这么简单，因为凋亡过程现在大家都知道，是多个蛋白参与，这就大大增加了分
离难度。同时重组4，5个组分不太可能，技术上现在几乎达不到（事实上，他们后来鉴定
了3个组分，加一个人工组分，这已经是很牛了，做过纯化的人就知道，光一个就要玩死
好
多人）这里最关键的是体外凋亡系统的建立，分离是复杂烦琐的，所以体外检测系统一定
要简单，有良好的重复性，不然，大家可以想象这个纯化太难做了，或者说几乎不可能，
因为你所有的纯化都是以这个检测系统为指导的。
起初，他们想要建立这样一个检测系统，然后就搞一个细胞抽提物，当然它自身不会诱导
凋亡，然后他们就尝试加东西，加任何可以加的东西，只要能诱导凋亡就行。事实上王提
起往事，说，一直到他们快要绝望的时候，他们幸运地发现一个本来用来当作dATP的对照
，ddATP的东东可以强烈地诱导凋亡(当然，大家现在也应该意识到，他纯化的细胞组分里
，mitochondria是有一点破裂的，不然cytochrome c不会释放出来，凋亡也不可能发生，
这又是一个lucky的东东，呵呵)，所以，后来他们把dATP提高到能诱导凋亡的浓度，这样
，才有可能做后面的分离纯化。事实上，分离出apoptosome里的几个组分到不需要绝顶高
手，（后面的工作才真正可以体现他lab的超强纯化能力）。从王lab出去的li
peng现在singapore，后来hongkong做出了另外两个mitochondria里释放出的蛋白也能诱
导凋亡，其实我看到很多做纯化很牛的实验室，在别的领域，要加入进来也是做东西的，
但这个领域通过这种方法再也做不出令人exciting的data了，包括王现在在做的，都是添
砖加瓦的工作。扯远了，呵呵。
后来大家都知道，那个apoptosome model，其中的dATP很重要，但实际上他的体外系统用
的dATP的浓度是体内的1k倍（更高？不记得了，有兴趣的可以自己去查.所以，体内真实
情况是和他这个model不完全一样的。
王觉得在生理dATP浓度下，一定有其它的因子参与了apoptosome的组装.在一篇正在revie
wing 的paper里，他通过借助chemical genetics方法筛选出的一个抑制凋亡的小分子，
在基于UV诱导的凋亡检测体系下（这样就去处了高浓度dATP的作用），纯化到另外两个分
子能够帮助组装apotosome。到时候大家看那篇paper，那才是纯化真功夫的显示。
我其实觉得王晓东过人之处并不在于他的纯化，前面说过，其实在其它领域也有很多用体
外系统来研究机制的牛lab，但王是第一个把这个系统引入apoptosis的人。所以，掘了第
一桶金。以前介绍过许田也是如此，第一个把tumor的概念引入drosophila，做出了漂亮
的工作。这个第一个才是重要的，王没有谈当时是否有忐忑的感受，但许是说了，他当时
和别人说这个idea之前，没有人理会他，倒是有不少嘲笑：）。我想，王在没找到ddATP
之前，也是极其郁闷的吧，这个时候，对自己的idea没有坚强的信念，是走不下去的。当
然，他也有一点点lucky：）
实际上，总有人固执地认为保守的是非常重要的，当然新的演化也是必须的和重要的。我
也觉得保守的通路不可被忽视。
关于凋亡的通路，就mammalian cell而言，现在主要集中在Death Receptor
和mitochondr a pathway上，但这并不意味着这两条就是全部。
death receptor很重要，因为之不光介导stress－induced apoptosis，同时也介导免疫
细胞的apoptosis，体内实验也证实了这一点。而对mitochondria pathway事实上大部分
数据是建立在stress－induced apoptosis上，这个全世界都广为采用的系统极有可能夸
大了cytochrome c的作用。因为实际上大家用的都是tumor cell line，而tumor的一大特
征就是获得avoid apoptosis的特性，所以，有可能mitochondria－independent
apoptosis pathway 发生了loss/gain of function，而mitochondria
pathway里的proteins stored in mitochondria很少报道突变，比如cytochrome
c，smac，Endo G。
通常这条pathway在tumor cell
line里的变化只发生在其它调控蛋白上，比如BCL－2，XIAP过表达之类。所以，一种解释
可以说那些mitochondria蛋白有其它的生物学功能，对cellsurvival必须，所以，这样一
来，就有可能使得在dish里培养的tumor cell
line基本上都依靠这条通路才能走向apoptosis。
所以，那篇genes&dev做出来的oncogene－induced
apoptosis很重要，提示可能不光是stress，cytochrome c在其它的凋亡诱导途径中也起
重要作用。早期作出来的是p53通过转录下游effector作用在mitochondria上，这篇文章
是c－myc。也许还有其它更多的，但可惜现在还没有多少报道。
stress这种诱导方式太复杂，说不清楚,最终的结论还是要在体内得到才能下。有一点要
说明的是，caspase和mitochondria pathway是不能等同的。
相关蛋白的KO mice的建立也部分说明了mitochondria这条通路在发育中起重要作用。但
这些数据本身解释起来就很复杂，远远没有得出统一的结论，似乎这条pathway中的各个e
ffector都负责不同的组织的凋亡。
现在的热点，就象你说的，去研究cytochrome c和其它一大堆鬼东西怎么释放出来，真是
无聊极了，呵呵（个人喜好）。
我自己感觉在体内mitochondria pathway不是细胞首选自杀方式，改变现在的研究系统，
抛弃tumor cell line：）也许可以得出更多的有意思的东东。所以，线虫和果蝇才显得
那么重要，不然，有谁认为在果蝇里研究凋亡还有什么用？因为它们是in vivo，而不是
仅仅因为它们也保守。
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