发信人: crystalmaker (风雨无阻), 信区: Biology
标 题: Re: 焦头了，有没有懂crystallography的朋友帮帮忙解答几个问题
发信站: Unknown Space - 未名空间 (Wed Jun 15 00:58:18 2005) WWW-POST

if there is Rmerge, so you have it. forget about Rsym. you can take them as
the same. some people use this and some people use that.
I used SCALA long time ago so I can not remember clearly. I guess I/sd(I) is
probably the I/sigma(I), but not sure. you should read the SCALA manual.
you can run SFcheck on your data to check your data.

about adding the ligand/inhibtor, once you have good density for it, you can
put it in at any stage of the refinement; if it is there, before amy
refinement, you should be able to see the density there, and with your
refinement goes on the density may be better.
sometimes the occupancy of the ligand may be less than 1.0 so you have to try
different values to fit the density map and check B factors also.

I guess you use red for negative Fo-Fc density. if it is, so the red one means
Fc is bigger than Fo there, so you should remove something or put something
smaller.
sometimes the occupancy of the metal can be lowered if you are sure it is the
metal ion you put in, to remove the red density as you mentioned.

better to talk somebody, face to face, to get some feeling of these things.
you can also read the ccp4bb posts, and ask questions there. There, you have
more professional crystallographers.


【 在 jonathanmma (天赐木匠) 的大作中提到: 】
: 我用的是ccp4i的scala，我可以看到log file 中有Rmerge, Mean
: I/sd(I),但是没有Rsym和I/sigma(I),这两个应该都可以用于publication吧。
: 有一个问题想请教，我们做的是蛋白和抑制剂的binding结构，应该在哪一步把抑制剂
加
: 到pdb file里呢?有些结构不加抑制剂做了refinement就可以看到density，但是有些好
像
: 不把抑制剂merge到蛋白里去做refinement就看不到抑制剂的density，顶多是一些小片
断
: ，但是先加进去再做refinement就可以得到比较fit的density。比较困惑。
: 还有就是我把会做的refinement都做了，各个残基看着也挺fit density的，但是在活
性
: 区域金属离子周围总是有些红色区域去不掉，我想红色应该是表示那里不应该有什么基
团
: 但是现在被一些基团占用了吧。不知道是不是要define metal或做些别的什么来去掉这
些
: 东东？
: 谢谢。
:
: 【 在 LGO (爱利s~豆腐帐) 的大作中提到: 】
: : all these numbers are in the .log file.what program did you use to scale
: your
: : data?
: :
: : 【 在 jonathanmma (天赐木匠) 的大作中提到: 】
: : : 谢谢。问题都挺基础，都不好意思贴出来，您给看看。
: : : 比如说，用mosflm加ccp4i处理数据，死活都找不到completeness,
: : I/sigma(I)和Rsym,好
: : : 像ccp4i scale以后的log
: graphy里都有单独的各个image的数据，但是在哪里找到for
: : : publication的那些数值呢？
: : : 咳，自己都觉得搞笑。
: : :
: : : 【 在 LGO (爱利s~豆腐帐) 的大作中提到: 】
: : : : 啥问题？　贴出来瞧瞧？ccp4 mailing list 是个好地方，问什么都有人回
: : : :
: : : : http://www.ccp4.ac.uk/ccp4bb.php
: : : :
: : : :
: : : :
: : : :
: : : :
: : : : 【 在 jonathanmma (天赐木匠) 的大作中提到: 】
: : : : : 最近开始试着解蛋白结构，有些可能对expert很简单的问题却能困扰我n久，
不
: 知
: : 道
: : : 版
: : : : 上
: : : : : 有没有懂crystallography的朋友，真诚希望能得到您的帮助解答几个问题。
: : : : : 我的email: [email protected]
: : : : : 谢谢。
: : : : :
: : : : :
: : : :
: : :
: : :
: :

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