发信人: blueswing (blueswing), 信区: Biology
标 题: Re: 请教基本的mass spec的问题
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 28 22:39:59 2008)

呵呵，我来说几句吧，
楼主的问题“MALDI-TOF出来的峰就是每一个被trypsin
digest的片断吗？”
Yes， MALDI 测就是你digest 之后的peptides，不是单个AAs

其次，Altaian说的PMF跟你的工作没有太大关系，
我相信你肯定已经知道你的两个蛋白是什么了，所以不需要用PMF

再次: affymm 同学的说的很多都是错的，不一一纠正了，自动忽略吧

另外一个基础问题，MALDI跟ESI不同的是，你的peptide m/z 绝大多数都是single
charged，不用像ESI那样考虑double charge or more charge


一般的做法是：
找到两个蛋白的AAs sequence， 然后找个数据库，做一下theoretical digest
就是根据trypsin digest rule，得到理论上的所有peptides m/z

然后做两个sample的MALDI：
一个是没有cross link，一个cross link的

对照两个spectrum peak的m/z，你能得到那个m/z被修饰了，然后根据对照理论的
peptide m/z，看看这个peptide到底是什么，在protein的什么位置

这样你的工作就完成了

但是，潜在的问题是：
1.你有digest 有很多很多peptide，以至于你不能找哪个peptide被修饰了，就需要
seperation了
2.如果你的peptides很多，很难只根据m/z找到到底是哪个peptide, 绝大多数MALDI不
具备MS/MS的功能，所以使得peptide identification变得很困难。

基于以上的难点，大多数的工作都使用LC/MS/MS，分离加 MS/MS,使得identification
容易，但是数据分析的工作量仍然很大

另外，selective extraction，在你的crosslink上下文章，使得crosslink的能够从
mixture中extract 出来，问题就简单多了。





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※ 修改:·blueswing 於 Mar 28 22:44:06 2008 修改本文·[FROM: 71.232.]