发信人: blueswing (blueswing), 信区: Biology
标 题: Re: 请教基本的mass spec的问题
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 28 23:41:15 2008)

你的蛋白有很大么，以至于HPLC分离后，每个组分里面都还有很多peptides？

Ok， to your question about ESI-MS/MS

MS/MS 得到不是amino acid的峰

比如一个peptide ADHHGRK，在第一个MS下得到m/z, 在第二个MS stage，一般用中性分
子或者电子or其他去撞击这个peptide 离子，这样这个pepitde的肽键会断裂，
得到的peak 也许是ADHH and GRK，也许是ADH and HGRK等很多峰，
分析这些peak 能够得到squence的信息是ADHHGRK，（具体怎么做，还是看书吧，口头
解释不清楚，主要是比较两个峰的质量差，那个质量就是AA residue）

有了m/z 跟sequence 你就能很容易的找到这个peptide是从蛋白的哪里来的

另外你的问题，“为什么amino acid的m/z就能分析出哪个被cross-linker modified了
呢”

在这个MS/MS spectrum 查找那些peaks mass改变了 就能知道哪里被modified

这里有个tick，比如ADHHGRK
你的碎片peak 是
ADHHGR + K
ADHHG + RK
ADHH + GRK
ADH + HGRK
AD + HHGRK

你modify的是第一个H，这样，
ADHHGR，ADHHG，ADHH，ADH 都有shift， AD没有 shift
如果你modify的是第二个H，ADHHGR，ADHHG，ADHH，都有shift，ADH，AD没有shift

这样还是很容易判断的，究竟是在哪里modify了

另外，比较如下peaks
ADHHGR
ADHHG
ADHH
ADH
AD
A

两个peak之间差的质量就是一个AA residue，你就能知道sequence是什么
同样分析另外一部分离子，也能得到sequence，两个相互补充

我上面已经说了，每个peptide都要做 MS/MS, 每个谱都要人工分析（自动分析还不完
善）
所以这个是个苦力活，一般做MS 一天就行了，分析数据两周才能完成。
如果是很大的蛋白，时间更长

【 在 mumi (塔塔) 的大作中提到: 】
: 多谢多谢你的解释，很清楚明白。我还想问个很弱的问题。如果我确实有很多
peptide
: ，用HPLC分离加MALDI后确实还有很多很多peptide，以致我不能用m/z去分析，我看有
: 的paper又用了quadrupole ESI-MS-MS. 那这样得到的就是每个amino acid的峰了吧。
: 为什么amino acid的m/z就能分析出哪个被cross-linker modified了呢？而且如何能知
: 道那个amino acid在protein上是哪一个呢？
: 对不起我知道问题很弱，但是就是想不明白。非常感谢大家帮助！！！





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※ 修改:·blueswing 於 Mar 28 23:44:00 2008 修改本文·[FROM: 71.232.]